육묘를 실시할 경우 정식에 따른 시간과 노동력 절감, 뿌리 손실 감소, 규격 생산 가능, 대량생산 가능이라는 장점이 있지만 생산계획 및 재배에 많은 주의가 필요하며 겨울철 난방비용증가, 노동력 절감을 위한 기계화(자동화), 숙련된 작업자가 필요하다는 단점이 있다.

2. 육묘
 1. 육묘기술
유기육묘를 실시할 경우 육묘장은 반드시 유기인증을 받은 곳이어야 하며, 상토는 유기 상토로 주요 영양분을 충분히 가지고 있어야 한다. 유기종자의 사용이 원칙이나 현실적으로 유기종자의 구입이 어려운 경우 화학적으로 처리되지 않은 종자사용을 허용한다. 영양관리의 경우 유기자재에 의한 영양공급이 이루어져야 하며 화학적인 방법을 배제하며 방제를 해야 한다.

2. 상토
고추육묘에 필요한 상토의 조건은 배수성과 통기성, 보수성이 좋아야 하며, 고추 생육에 적절한 5.8~6.5의 pH를 가진 상토가 적당하다. 상토는 고추 생육에 적절한 근권 환경을 만들고 물리 화학성이 좋으며 내구성을 지녀야 한다.
육묘용 상토는 다양한 재료들을 혼합해 만들 수 있지만 유기상토의 재료들은 선택하기 전에 다음 사항을 고려해야 한다.
유기상토의 재료들은 종류에 따라 재이용이 가능한 것은 회수할 수 있어야 하며, 자연에 풍화?분해되어 쓰레기를 발생시키지 않고 농경지 등의 재배환경을 손상시키지 않아야 한다. 또한 화학비료와 합성물질을 첨가한 상토는 유기농업에 이용할 수 없다.

구분
수입원료
국내산원료
식물성
코코피트, 토탄, 피트모스
왕겨숯, 왕겨
광물성
버미큘라이트, 펄라이트
제올라이트, 규조토, 마사, 황토
표 . 일반상토의 주원료



-유기상토 자재와 특성
흙: 토양 전염병이나 해충이 의심될 경우 태양열 등으로 소독하고 전염원의 유입을 방지한다. 주재료로서는 밀도가 높은 단점이 있다.

모래: 굵은 모래가 공극의 증가를 위해 좋으며 혼합된 성분 중 무게가 가장 무겁기 때문에 식물을 지지하는데 중요한 역할을 한다.

퇴비: 유기재배 농가들이 가장 일반적으로 사용할 수 있는 자재이며, 퇴비의 질은 만드는 방법과 재료에 영향을 받으므로 양질의 재료를 혼합하는 것이 중요하다. 퇴비 사용 전 적어도 6개월 이전에 만들어 놓는 것이 좋다. 대부분의 경우 상토의 20~30% 만을 이용하고, 큰 육묘로 키우는 경우 50%까지 혼합 할 수 있다. 퇴비 속에는 병원성 미생물이 존재하지 않아야 한다.

피트모스(Peat moss): 수분과 공기를 다량 보유하며 분해속도가 느리다. 일반적으로 강산성(pH 3.5~4.0)이므로 pH를 맞추기 위해 석회석 등을 이용하며, 피트모스에는 화학비료들이 첨가된 경우가 많으므로 확인 후 이용한다.

부숙 소나무수피(Composted pine debris)
리그닌 함량이 많으며 상토를 가볍게 하고 토양 내 기상을 증가시켜 수분 보유력을 감소시킨다. 피트모스 대신 이용할 수 있고, 질소함량이 낮으므로 상토로 이용할 때는 질소성분이 많은 유기자재를 추가해야 질소결핍 증상을 해결할 수 있다.

질석(버미큘라이트): 토양에서 물과 영양성분을 흡착하고 칼슘과 마그네슘을 함유하여 pH는 거의 중성이다. 입자크기가 큰 것은 노숙묘를 위한 상토에 이용하고 중간 크기의 것들은 새로 파종하는 상토에 이용한다.

펄라이트: 화산암으로 가열치 팽창해 가벼운 하얀 입자가 되며 통기성과 배수성을 양호하게 해준다.

팽연왕겨: 일반왕겨를 고온에서 팽창시켜 조직이 부드러우며 일반왕겨의 5~6배, 톱밥의 2배이상 물을 흡수한다.

톱밥: 삼목, 호두나무, 미국삼나무의 톱밥은 식물체에 독성을 나타내므로 상토 재료로 사용할 수 없으며, 가공처리 되거나 색이 칠해진 목재의 톱밥은 유기상토의 재료로 사용될 수 없다.

석회석: pH를 보정하고 영양공급을 위해 이용하며, 생석회나 수산화칼슘은 유기상토의 재료로 이용될 수 없다.
그 외의 유기자재들: 상토 내에 미생물이 충분히 존재하지 않을 수 있으므로 분해가 더딘 유기질비료를 이용하는 것은 좋지 않다.

3. 파종
 유기농업에서는 합성화학 물질의 사용이 금지되므로 유기종자를 사용하는 것이 원칙이며 GMO 종자나 화학적으로 처리한 종자를 사용해서는 안된다. 그러나 대부분의 유기채소 재배농가에서 유기종자를 구할 수 없었기 때문에 예외조항이 있어 화학적으로 소독된 종자를 사용하였다. 하지만 앞으로는 국내외적으로 이들 종자의 유기재배가 제한될 가능성이 높다.

<박스처리>종자소독(온탕침지법)
유기농업에서 활용할 수 있는 종자소독 방법으로는 온탕침법, 냉수온탕침법, 건열처리 등 물리적 방법이 있는데, 온탕침법이나 건열처리를 할 때는 열로 인해 종자의 발아율과 종자 활력이 억제되어서는 안되므로 적절한 처리 온도와 시간을 준수해야 한다. 온탕침지를 통해 소독된 종자들은 유해 미생물이 억제되어 발아와 생장이 다소 증가된다.
-고추 종자를 멸균한 거즈에 싸서 미리 준비된 50℃의 물에 25분 동안 침지 처리한다.
-처리시간이 끝난 종자는 수조에서 꺼내 차가운 살균수에 담궈 반응을 멈추게 한다.
-물의 온도가 55℃이상의 경우 발아와 뿌리생장을 억제할 수 있으니 주의해야 한다.