옥수수에 주로 발생하는 주요 병해로는 검은줄기오갈병(흑조위축병), 깨씨무늬병(호마엽고병), 깜부기병 및 잎집무늬마름병(매문병) 등이 주로 발생한다. 검은줄오갈병은 남부지방에서 주로 발생하는 바이러스 병으로 키가 작아지고 윗잎의 뒷면에 엽맥이 부풀어 줄이 나타나는데, 애멸구가 전염원이다.

-농촌진흥청 국립식량과학원 전작과 서종호 농학박사

3. 논 옥수수 재배법
다. 옥수수 재배법
2) 생육 중 관리기술
가) 잡초방제
논을 밭으로 전환할 경우 전환년차가 경과될수록 수생잡초는 감소하고 피, 바랭이, 명아주 등 밭잡초가 증가하게 된다. 또 잡초발생량은 전환 1년차에는 비교적 적으나 2년차부터는 잡초가 급격히 증가하게 되고 무제초 시 수량성이 현저히 감소하게 되므로 1년차부터 잡초의 방제가 필요하다. 또 제초시기를 최대한 앞당겨 잡초와 옥수수의 경합을 피하는 것이 필요한데, 옥수수의 3엽기 이후에 제초를 하면 수량성 현저히 감소하게 된다.
일반적인 방제체계는 파종 후 3일 이내에 토양처리제를 살포한 다음 35～40일 후 중경배토를 실시하거나, 중기제초제를 시용한다. 토양제초제는 잡초종자의 발아를 억제하는데 옥수수에서는 라쏘와 씨마진을 혼합하여 살포한다. 라쏘는 화본과 잡초에 효과가 크고, 씨마진은 광엽성 잡초의 발아억제에 효과가 높다. 외래잡초인 어저귀가 많이 발생한 포장은 스톰프를 사용하는 것이 좋다. 옥수수에 대한 중기제초제로는 니코설푸란 액상수화제가 있는데 옥수수의 3~5엽기에 살포한다. 사용 시 품종에 따라 반응 차이가 심하므로 신중을 기할 필요성이 있다. 비선택성 제초제는 옥수수에 닿지 않게 조심하여 살포하여야 한다.
현재 유기농 옥수수 재배 등  친환경 옥수수의 재배가 증가하고 있는데, 가장 많이 이용되는 무제초제 재배법으로는 옥수수의 재배 시 두둑을 만들고 두둑에 흑색비닐을 사용하는 방법이 가장 많이 사용되고 있다. 두둑의 고랑에 발생하는 잡초의 친환경적 방제방법으로는 소형관리기로 잡초방제를 하거나 부직포, 짚 및 옥수수 대등을 이용하여 고랑피복을 하기도 하며, 현미식초 20% 액을 처리하기도 한다. 또 화이트클로버, 크림손클로버 및 헤어리베치의 피복작물을 이용하여 잡초발생을 감소시키기도 하며, 오리를 옥수수 밭에 방사하여 동물에 의한 잡초방제를 하는 것도 가능하다.           

나) 병해충 방제
옥수수에 주로 발생하는 주요 병해로는 검은줄기오갈병(흑조위축병), 깨씨무늬병(호마엽고병), 깜부기병 및 잎집무늬마름병(매문병) 등이 주로 발생한다. 검은줄오갈병은 남부지방에서 주로 발생하는 바이러스 병으로 키가 작아지고 윗잎의 뒷면에 엽맥이 부풀어 줄이 나타나는데, 애멸구가 전염원이다. 병이 발생한 초기에 이병주를 제거하는 것이 병의 확산을 막는데 중요하다. 깨씨무늬병은 잎에 갈색의 작은 반점으로 시작하여 타원형으로 커지는 병인데, 주로 중부, 남부지역의 고온다습한 조건에서 주로 발생한다. 방제대책으로는 내병성 품종선택, 윤작 및 살균제 종자처리 법이 있다. 깜부기병은 이병부위가 혹처럼 부풀어 오르며 흰색의 연한 막으로 싸이는 증상을 보이는데 토양 및 종자전염을 하는 병이다. 방제방법으로는 연작을 피하고 이병주를 소각하고, 살균제로 종자처리 하는 것이 필요하다. 잎집무늬마름병은 온도가 다소 낮고, 습기가 많고 통풍이 불량한  곳에서 많이 발생하는데, 방제대책으로는 배수에 신경을 쓰고, 밀식을 피하고 윤작 및 질소과용을 피해야 한다.
옥수수의 주요 충해로는 조명나방, 멸강충 및 거세미 피해가 가장 많다. 조명나방은 가장 문제시 되는 충으로 줄기 및 암이삭에 피해를 주고 있으며, 월동하기 때문에 방제에 많은 노력이 필요하다. 조명나방에 대한 저항성 Bt gene 이 들어간 GMO 옥수수를 재배하거나, 6월 중순 및 7월 하순 1화기 및 2화기 전에 살충제(카보입제)를 살포하여야 한다. 멸강충은 비래곤충으로 집단으로 발생하여 순식간에 옥수수에 피해는 주는 곤충인데, 발생초기에 살충제(엘산 및 파프 유제)를 살포하여 방제하여야 한다. 거세미는 옥수수의 입모 후 생육초기에 옥수수 줄기의 밑부분을 가해하여 입모율을 현저히 감소시키는데, 토양처리제(지오릭스 분제)를 처리하여 방제한다.

3) 수확
옥수수의 수확은 옥수수의 용도에 따라 다르다. 곡식용 옥수수의 수확적기는 품종과 재배환경에 따라 다르지만 출사 후 보통 60일 정도(옥수수 알의 수분함량이 30% 이하)에 한다. 수분함량이 높은 곡실용 옥수수는 수확 및 탈립 후 건조과정을 거쳐야 하는데 건조에 노력과 에너지가 들어가기 때문에 수확전 최대한 포장조건에서 말리는 것이 좋다. 수확 후 동계 맥류 및 소득형 채소작물이 들어갈 때는 노지 및 건조기에서 수분함량이 15.5% 까지 건조시켜 보관한다.  사일리지용 옥수수는 출사 후 35~42일 째인 황숙기(종실 3/4 milk line시기)에 한다. 이때는 수분함량이 65~70%로 사일지리의 발효에 가장 적합한 시기이다. 간식용 풋옥수수의 수확적기는 십는 맛, 찰기, 단맛, 굳음 정도, 낟알의 발육 등을 고려하여 판단하는데, 찰옥수수는 출사 후 25~27일 경으로 이삭중간쯤의 알곡을 터트려 내용물이 약간 비칠 때 실시하는 것이 좋다. 수확작업은 이른 아침 온도가 낮을 때 하는 것이 좋다. 
옥수수의 수확 후 단기저장일 경우에는 비닐에 싸서 냉동저장 (4℃)하는 것이 좋고 장기저장의 경우에는 급냉(-40℃) 후 냉동저장 (-20℃) 또는 수확 즉시 삶은 후 냉동저장 (-20℃)하는 것이 좋다. 단옥수수의 경우에는 수확 후 시간이 오래되면 당이 전분으로 변하여 옥수수의 맛이 현저히 감소하기 때문에 수확 후 빨리 판매하여 소비하거나 냉동저장하여 변질을 줄여주는 것이 매우 중요하다.